特别纳税调整，指税务机关对企业与其关联方之间的关联交易是否符
合独立交易原则，是否存在避税问题而开展的调查和调整，具体包括转让
定价、成本分摊协议、受控外国企业、资本弱化和一般反避税事项。实务
中，境内关联交易的特别纳税调整应重点关注三个问题。
一是境内关联交易是否属于特别纳税调整范围。有观点认为，国际税
收解决的是国家（地区）之间的税款分配关系，而境内关联交易只涉及境
内地区（城市）间的税款分配，因此其不在特别纳税调整范围内。这其实
是一种误解。迄今为止，国家税务总局出台的有关特别纳税调整的规范性
文件中，并没有对此做出明确区分。2017年，国家税务总局发布的《特别
纳税调查调整及相互协商程序管理办法》（国家税务总局公告2017年6号）
规定，实际税负相同的境内关联方之间的交易，只要该交易没有直接或者
间接导致国家总体税收的减少，原则上不作特别纳税调整。这一规定更多
是为了防止各地区将对境内关联交易的调整变成争夺税源的手段，并没有
将境内关联交易排除在特别纳税调整的范围之外。反之，如果境内关联交
易的关联方之间存在实际税负差异，且因此导致了国家整体税款的减少，
那么税务机关有权对其作特别纳税调查和调整。
二是实际税负如何准确理解。根据现行税收法规，境内关联交易的关
联方之间是否存在实际税负差异，直接决定了税务机关是否有权对其实施
特别纳税调整。但对于什么是实际税负，目前没有明确的规定。企业的实
际税负不同，不应简单理解为双方执行的企业所得税税率不同，而应该从
关联交易的原理出发，通盘考虑。
以关联企业货物购销的关联交易为例，如果销售方确认的销售收入为
1000元，那么采购方的采购成本也应为1000元。在双方不存在实际税负差
的情况下，无论销售方如何调整售价，采购方的采购成本变动必然是等价
的，国家整体税款并不会减少，不同的只是税款在地区之间分配的比例。
以这一原理为基础，我们可以反过来通过调整售价，检测关联交易一方的
所得税增加额和另一方的所得税减少额是否相等，以判断境内关联交易的
交易双方“实际税负”是否相同。
导致境内关联交易双方实际税负不同的原因主要有两点：一是双方实
际执行的企业所得税税率不同，如关联交易一方适用的企业所得税税率是
25%，另一方享受国家企业所得税税收优惠，实际执行的是免税的零税率
或15%的优惠税率；二是关联交易的双方，一方是盈利企业，另一方为亏
损企业。此处所指的盈利或亏损，并不是简单指在发生关联交易的当期交
易双方实现了盈利或亏损，还应考虑在发生关联交易的上一个年度，交易
双方在所得税汇算清缴后，是否有未弥补的亏损。以前年度形成的未弥补
亏损具有抵税作用。如果双方通过关联交易，将利润尽可能地转移到亏损
方，最终会造成国家整体税款的减少。同时还要注意，当发生关联交易的
双方都是亏损企业时，不能简单地认为双方不存在实际税负差，而应结合
各自的亏损额以及各自企业的销售收入、实现利润的能力来综合判断。
三是境内关联交易的避免双重征税及相互协商问题。为了避免双重征
税，国家税务总局先后出台了《税收协定相互协商程序实施办法》（国家
税务总局公告2013年第56号）和《特别纳税调查调整及相互协商程序管理
办法》（国家税务总局公告2017年6号）等规范性文件，专门规定了相互
协商程序，同时，我国对外签署的税收协定中也包括了相关条款。国家税
务总局可以依据企业申请或者税收协定缔约，启动相互协商程序，与税收
协定缔约国的税务机关开展协商谈判，避免国际重复征税。
在境内关联交易的特别纳税调整问题上，如何消除重复征税缺乏原则
性的规定和具体的程序性规定。《特别纳税调整实施办法（试行）》（国
税发〔2009〕2号）第九十八条中仅规定，关联交易一方被实施转让定价
调查调整的，应允许另一方做相应调整，以消除双重征税。目前，这一条
款已经失效，调整具体应如何操作，有待进一步明确和完善。可以在对被
调查企业征税时，先和交易对方的主管税务机关作好沟通，若对方同意调
整和退税，则可按法定税率征税；若对方税务机关不同意调整和退税，则
应按实际税率差征税。